日本军队进入沦陷的南京城，奉命掩埋中国死难士兵和战俘尸体与此同时，市中心的圣马德伦教堂中迎来了一群不速之客，十来个女学生和秦淮河女子，她们殊途同归只为同一件事――逃难紧接着许多男人也因为各种原因进入了教堂围墙外的日军寻找各种借口进入教堂，圣马德伦教堂的后院成为他们填埋尸体掩盖罪证的目标，国际安全区的组织者尝试各种解救教堂被困人员的方案，却屡屡失败教堂中的男人们为了保护藏在教堂阁楼和地窖中的女人，献出了自己的生命，女人们或者选择了有尊严地死去，或者进行了最壮烈的抵抗。在这四十九个日夜里，他们和他们，在一次次地求生、抵抗、毁灭和复活中缔结了爱情、亲情和友情，曾懦弱地变成了勇士、曾迷失的找到了方向、曾虚无的得到了收获、曾有罪的完成了救赎。